Le basket voit le jour à Moutier au début des années 1970 sous l’impulsion de Jean Hofmann, avant d’être relancé en 1980 par Claude Jungo. Le jeune club rejoint alors le championnat jurassien et évolue longtemps en 3e puis 2e ligue, à une époque où le basket reste un sport confidentiel dans la région — il faudra attendre l’essor mondial de la discipline dans les années 90, porté par la « Dream Team » olympique de 1992, pour qu’il gagne en popularité.
C’est dans les années 2000 que le BCM change vraiment de dimension : après une montée en 2e ligue en 2007, il enchaîne dès 2008 avec une promotion en 1re ligue régionale Elite 8, catégorie où évolue encore aujourd’hui son équipe fanion. Ce succès attire des joueurs de toute la région, jusqu’à Bienne et Neuchâtel, et permet au club de se structurer avec plusieurs équipes seniors et une filière Cadets dès 2011.
Le club a aussi vu grandir des talents allés loin, comme Christophe Zahno, formé à Moutier dès ses 13 ans, devenu joueur professionnel et champion suisse avec Fribourg Olympic en 1985, avant une carrière de plus de 1000 matchs entre LNA, LNB et ligues régionales.